青青草原上，每日依然进行着狼捉羊的日常故事，但神秘来客---狼将军的到来，打破了这一切。原来灰太狼因为屡次捉羊不力，于是狼族总部派遣了拥有强大力量的狼将军来取代灰太狼，统率七大恶狼捉羊，并且将灰太狼逐出狼藉。狼将军善于制造各种神奇力量的芯片，他用芯片激发了七大恶狼的能力，轻易摧毁了羊村大门，而没有了保护的羊村危在旦夕。关键时刻，喜羊羊无意获得了羊村前辈羊果果留在羊村的武器——守护之枪，并用手枪的寒冰弹暂时击退了恶狼，而羊村大门口也升起羊果果布下的保护罩，暂时抵御住了狼将军的进攻。

恶狼们虽然没有攻入羊村，但依然不断攻击防护罩，在他们的猛烈攻势下，防护罩竟然产生了一丝微小的裂痕。裂痕虽小，但却足以让慢羊羊心生警惕。只要狼将军夜以继日的攻击防护罩，那么防护罩总会有完全破碎的一天，到时，就是羊村的末日。为了寻求一丝生机，慢羊羊当机立断，决定出发寻找羊村历史上最伟大的铸造大师——羊果果，只要能找到羊果果，用他制造的道具，肯定能加固防护罩，说不定还能击退狼族入侵。于是，慢羊羊带着喜羊羊、美羊羊、懒羊羊、暖羊羊、沸羊羊等五只最勇敢的羊，开展了拯救羊村的冒险。

而另一边，灰太狼一直试图寻找狼将军，央求他开恩帮自己恢复狼藉，却没想到狼藉没恢复，自己却融入了狼将军的芯片，变成了一条狗，只有月圆之夜才能恢复成狼。而狼将军趁机威胁灰太狼，要想彻底恢复成狼，就必须以狗的身份打入小羊内部，配合他捉羊。当捉到全部小羊之时，狼将军就帮灰太狼恢复成狼。为了恢复原状，灰太狼只好开展了他在羊群内漫长的“卧底”生涯。

然而，狼将军在想尽办法攻破羊村防护罩的同时，也不断派遣七大恶狼前往协助灰太狼捉羊，并且给予他们强大的芯片，变得异常强大。狼二叔可以变得巨大、狼三叔拥有打出拳风的力量、白眼狼可以召唤众多泥人……七大恶狼的力量一只比一只厉害。

面对强大的恶狼步步进逼，小羊们在旅途上也分别有了各自的奇遇。沸羊羊凭借着坚持的意志获得了勇者腰带，出拳速度如同风速一般；美羊羊凭借着坚强的品质获得了坚毅之弓，能射出种子长成各种植物；暖羊羊凭借救人的善良之心获得了护心石，能召唤泡泡救治他人；懒羊羊凭借想做出美食的心获得了美味铲，可以用任何食材煮出美味的食物。而喜羊羊的枪也在不断升级，开发出新的遁地功能。

在喜羊羊的带领下，小羊们朝着目标不断前进。一路上，小羊们遇到了热情而好客的土著、路过了繁花似锦的百花园、帮助分身乏术的神医找到了助手……一系列神秘而有趣的奇遇让小羊们不断成长，同时也更加坚定自己的梦想，在实现梦想的道路上越走越远。尽管灰太狼作为内应，一次次和恶狼合作捉羊，但小羊们凭借着武器的保护，以及善良和勇气，一次次打退了群狼的阴谋和攻击，而七大恶狼在捉羊的过程中却慢慢的被小羊感化。

而作为卧底的灰太狼，每天都经历着煎熬。一方面在与小羊的相处中感受到小羊们的善良和关心，另一方面，又因为要恢复狼身而不断出卖小羊。在旅途中，灰太狼的身份屡屡遭到怀疑，甚至最终被喜羊羊拆穿。不过喜羊羊在和众羊狼的相处之中，也逐渐明白到“狼羊和平”的可行性，在保证灰太狼不伤害小羊的前提下，为灰太狼隐瞒下来，因为喜羊羊明白灰太狼的无奈。喜羊羊做的一切，让灰太狼感动不已。

终于，经历了一路的坎坷与磨练，成长后的众小羊带着爱与和平的信念回到羊村，与狼将军进行最终决战，并在改邪归正的灰太狼帮助下成功击退狼将军。羊村危机最终解除，灰太狼也恢复原状，真正地实现了狼羊和平！