青青草原上,每日依然进行着狼捉羊的日常故事,但神秘来客---狼将军的到来,打破了这一切。原来灰太狼因为屡次捉羊不力,于是狼族总部派遣了拥有强大力量的狼将军来取代灰太狼,统率七大恶狼捉羊,并且将灰太狼逐出狼藉。狼将军善于制造各种神奇力量的芯片,他用芯片激发了七大恶狼的能力,轻易摧毁了羊村大门,而没有了保护的羊村危在旦夕。关键时刻,喜羊羊无意获得了羊村前辈羊果果留在羊村的武器——守护之枪,并用手枪的寒冰弹暂时击退了恶狼,而羊村大门口也升起羊果果布下的保护罩,暂时抵御住了狼将军的进攻。
恶狼们虽然没有攻入羊村,但依然不断攻击防护罩,在他们的猛烈攻势下,防护罩竟然产生了一丝微小的裂痕。裂痕虽小,但却足以让慢羊羊心生警惕。只要狼将军夜以继日的攻击防护罩,那么防护罩总会有完全破碎的一天,到时,就是羊村的末日。为了寻求一丝生机,慢羊羊当机立断,决定出发寻找羊村历史上最伟大的铸造大师——羊果果,只要能找到羊果果,用他制造的道具,肯定能加固防护罩,说不定还能击退狼族入侵。于是,慢羊羊带着喜羊羊、美羊羊、懒羊羊、暖羊羊、沸羊羊等五只最勇敢的羊,开展了拯救羊村的冒险。
而另一边,灰太狼一直试图寻找狼将军,央求他开恩帮自己恢复狼藉,却没想到狼藉没恢复,自己却融入了狼将军的芯片,变成了一条狗,只有月圆之夜才能恢复成狼。而狼将军趁机威胁灰太狼,要想彻底恢复成狼,就必须以狗的身份打入小羊内部,配合他捉羊。当捉到全部小羊之时,狼将军就帮灰太狼恢复成狼。为了恢复原状,灰太狼只好开展了他在羊群内漫长的“卧底”生涯。
然而,狼将军在想尽办法攻破羊村防护罩的同时,也不断派遣七大恶狼前往协助灰太狼捉羊,并且给予他们强大的芯片,变得异常强大。狼二叔可以变得巨大、狼三叔拥有打出拳风的力量、白眼狼可以召唤众多泥人……七大恶狼的力量一只比一只厉害。
面对强大的恶狼步步进逼,小羊们在旅途上也分别有了各自的奇遇。沸羊羊凭借着坚持的意志获得了勇者腰带,出拳速度如同风速一般;美羊羊凭借着坚强的品质获得了坚毅之弓,能射出种子长成各种植物;暖羊羊凭借救人的善良之心获得了护心石,能召唤泡泡救治他人;懒羊羊凭借想做出美食的心获得了美味铲,可以用任何食材煮出美味的食物。而喜羊羊的枪也在不断升级,开发出新的遁地功能。
在喜羊羊的带领下,小羊们朝着目标不断前进。一路上,小羊们遇到了热情而好客的土著、路过了繁花似锦的百花园、帮助分身乏术的神医找到了助手……一系列神秘而有趣的奇遇让小羊们不断成长,同时也更加坚定自己的梦想,在实现梦想的道路上越走越远。尽管灰太狼作为内应,一次次和恶狼合作捉羊,但小羊们凭借着武器的保护,以及善良和勇气,一次次打退了群狼的阴谋和攻击,而七大恶狼在捉羊的过程中却慢慢的被小羊感化。
而作为卧底的灰太狼,每天都经历着煎熬。一方面在与小羊的相处中感受到小羊们的善良和关心,另一方面,又因为要恢复狼身而不断出卖小羊。在旅途中,灰太狼的身份屡屡遭到怀疑,甚至最终被喜羊羊拆穿。不过喜羊羊在和众羊狼的相处之中,也逐渐明白到“狼羊和平”的可行性,在保证灰太狼不伤害小羊的前提下,为灰太狼隐瞒下来,因为喜羊羊明白灰太狼的无奈。喜羊羊做的一切,让灰太狼感动不已。
终于,经历了一路的坎坷与磨练,成长后的众小羊带着爱与和平的信念回到羊村,与狼将军进行最终决战,并在改邪归正的灰太狼帮助下成功击退狼将军。羊村危机最终解除,灰太狼也恢复原状,真正地实现了狼羊和平!